شناخت ویژه ی آن گرامی از خداوند و انس روحی وی با پروردگار بزرگ و نورانیت ذاتی وی که ویژه ی امامان پاک است،همه او را به عبادتی گرم و راز و نیازی عاشقانه با خدا سوق می داد. وی عبادت را همان سان که خداوند در قرآن به عنوان غایت آفرینش شناسانده است، می دانست و به هنگام فراغت از کارهای اجتماعی،هیچ کاری را همسنگ آن قرار نمی داد. هنگامی که به دستور هارون به زندان افتاد،چنین فرمود:
اللهم انی طالما کنت اسالک ان تفرغنی لعبادتک و قد استجبت منی فلک الحمد علی ذلک. (38)
خداوندگارا،چه بسیار مدت می بود که از تو می خواستم مرا برای عبادت خویش،فراغت دهی، اینک دعایم را به اجابت رساندی،پس تو را بر این سپاس می گویم.
این جمله،شدت اشتغال به کارهای اجتماعی آن بزرگوار را در ایامی که به زندان نیفتاده بودند،نیز می رساند.هنگامی که آن امام در زندان ربیع بود،هارون گاهی روی بامی که مشرف به زندان امام بود،می رفت و به داخل زندان نگاه می کرد.هر بار می دید که چیزی چون لباسی در گوشه ی زندان افکنده اند،و از جای نمی جنبد.یکبار پرسید،آن لباس از آن کیست؟ربیع گفت:لباس نیست،موسی بن جعفر است که اغلب در حالت سجود و عبادت پروردگار زمین را بوسه می زند.
هارون گفت براستی که او از عباد بنی هاشم است.
ربیع پرسید:پس چرا دستور می دهی که در زندان بر او بسیار سخت بگیرند.
گفت:هیهات،چاره یی جز این نیست!! (39) یکبار،هارون کنیزی ماه چهره را به عنوان خدمتکاری آن گرامی فرستاد و در باطن بدین قصد که اگر امام بدو تمایلی نشان دادند،از اینطریق دست به تبلیغاتی علیه آن گرامی بزند.امام به آورنده ی دخترک گفت شما به این هدیه ها دلبسته اید و بدان ها می نازید،من به این هدیه و امثال آن نیازی ندارم.هارون خشمگین شد و دستور داد که کنیز را به زندان ببر و به امام بگو،ما تو را با رضایت خود تو به زندان نیفکنده ایم. (یعنی ماندن این کنیز هم بستگی به رضایت تو ندارد) .
چیزی نگذشت که جاسوسان هارون که مامور گزارش ارتباطات کنیز با امام بودند به هارون خبر بردند که کنیزک،بیشتر اوقات در حال سجده است.هارون گفت به خدا سوگند،موسی بن جعفر او را افسون کرده است...
کنیز را خواست و از او باز خواست کرد اما کنیزک جز نکویی از امام نگفت.هارون به مامور خود دستور داد که کنیز را نزد خویش نگهدارد و با کسی چیزی از این ماجرا نگوید.کنیزک پیوسته در عبادت بود تا چند روز پیش از وفات امام از دنیا رفت. (40)
آن گرامی این دعا را بسیار می خواند:
اللهم انی اسالک الراحة عند الموت و العفو عند الحساب
خداوندگارا،از تو آسایش هنگام مرگ و گذشت و بخشایش هنگام حساب را می طلبم. (41)
قرآن را بسیار خوش می خواند،چندان که هر کس صدای او را می شنید،می گریست مردم مدینه به وی «زین المتهجدین »یعنی آذین شب زنده داران لقب داده بودند. (42)