استحصال آب از قنات جهت مصارف مختلف از شیوه های قدیمی رایج و غالب بهره برداری از منابع آب زیر زمینی منطقه به شمار رفته و در گذشته بیش از 500 رشته قنات در سطح شهرستان جهت آبیاری باغات و مزارع و شرب مورد استفاده قرار می گرفته اما در حال حاضر این تعداد به دلیل رواج شیوه های جدید بهره برداری از منابع آب زیر زمینی به وسیله چاه های عمیق که در قسمت جنوبی منطقه و در حاشیه دریاچه ارومیه در شهر ها صورت می گیرد به کمتر از 200 رشته قنات در سطح شهرستان تقلیل یافته و سهم شهر خامنه در تعداد قناتین موجود 16 رشته می باشد لازم به ذکر است از چند صد سال قبل آب شرب خامنه با سبک به خصوصی از یکی از این قنات ها لوله کشی شده و اهالی شهر از آب مشروب و پاکیزه که توسط لوله های سفالی به خانه های آنها منتقل می شده استفاده می کردند چاه های عمیق با 600 حلقه در سطح شهرستان و برداشت شدید آب در بعضی نواحی در خشکیدن قنوات نقش اساسی دارد.
چشمه ها و رودخانه ها
در خصوص که یک منبع بسیار مهم و بدون هزینه در مقایسه با هزینه های امروزی می باشد باید گفت که در شهر خامنه چشمه ها حاصل دسترنج انسانهای زمان می باشد که همه آنها از آب کافی برخوردار هستند و شبانه روز جریان دارند و در امر آب مشروب و آبیاری زمینهای زراعی و نهالستانهای شهر خامنه نقش مهمی را ایفا میکنند.
چشمه هایی که در این شهر جریان دارند عبارتند از : چشمه کهریز- چنار – پیر باغچه – شور کهریز- تازه چشمه – فقیر احمد – آقانکاها بالا- آقانکاها پایین – حسینی- طالب – حاج شفیع – حاج علی بیک- حاج میرزا بابا- آخوند آباد پایین- گیلان کاها و حیدری
