علامه مجلسی در بحث از متولی خمس در عصر غیبت واین که چه کسی باید آن را دریافت کند و به موارد مصرف آن برساند، در رساله «خمس و زکات» چنین فتوا می دهد:
در زمان غیبت احوط «وجوبی» آن است که حصه سادات «از خمس» را به عالم عادل اثنا عشری بدهند که به سادات برساند به قدر احتیاج ایشان.
درباره سهم امام زمان (عج) در زمان غیبت با اشاره به اختلافی بودن مساله، فتوای مشهور را اختیار می کند و می نویسد:
مشهور آن است که باید به عالم عادل داد که بر سبیل تتمه به نیابت آن حضرت به سادات برساند.
وی نظر کسانی را که معتقدند در زمان غیبت، ائمه علیهم السلام سهم خودشان را بر شیعیان حلال کرده اند بی وجه می داند و اظهار می دارد:
از حضرت صاحب الامرعلیه السلام روایت صریحی نرسیده است که «خمس» را بر شیعیان حلال کرده باشد، بلکه خلافش ظاهر است.
مرحوم مجلسی در اثبات این که خمس باید به دست مجتهد عادل برسد و موارد مصرف آن را نیز باید مجتهد تعیین کند می نویسد:
در زمان غیبت صغرا که هفتاد سال و کسری بود (74 سال) نایبان آن حضرت یعنی عثمان عمری و پسرش محمد، و حسین بن روح و علی بن محمد سمری - رضی الله عنهم - حصه آن حضرت را بلکه جمیع خمس را از شیعیان می گرفتند و به فرموده آن حضرت به مردم می دادند.
مجلسی در زمان غیبت کبرا مجتهدان را نایب عام آن حضرت می داند و تحویل خمس به ایشان را لازم دانسته و در این باره می گوید:
و ظاهر آن است که در این زمان (غیبت کبرا) نیز نایب عام آن حضرت، که علمای ربانی و محدثان و حاملان علوم ایشانند خمس را باید بگیرند و به سادات که عیال آن حضرتند برسانند.
وی با بیان این مطلب که حلیت خمس برای شیعیان مربوط به زمان تقیه از خلفای جور معاصر ائمه علیهم السلام بوده است، نظریه کسانی را که قائل به شمول و عموم حلیت خمس بر شیعیان حتی در زمان غیبت هستند مردود می داند. وی درباره مجموع سهمین معتقد است اگر صاحب مال از نزد خود بدون مراجعه به «عالم محدث عادل» خمس را در موارد آن صرف کند بریء الذمه نخواهد شد.
ایشان در رساله «مسائل ایادی سباء» در پاسخ به این سؤال که آیا می توان بدون اجازه فقیه سهم امام و سادات را به مستحقین آن داده می نویسد: «البته به تجویز عالم به اخبار اهل البیت علیهم السلام بدهند» و در پاسخ از سؤال مشابه می گوید:
حصه امام را البته به تجویز فقیه بدهند و فقیه در تقسیم «آن» آنچه را مصلحت داند به عمل آورد.
مجلسی به نیابت فقیه محدث عادل از ائمه معصومین علیهم السلام در صرف خمس و اموال به جا مانده از کسی که وارث ندارد )میراث من لاوارث له) و غیر این دو مورد از اموال امام مانند فیء و انفال، تصریح دارد.
او در شرح حدیث امام صادق علیه السلام «میاسیر شیعتنا امناؤنا علی محاویجهم» سه احتمال ذکر کرده که احتمال سوم چنین است: در زمان تقیه و غیبت، بر شیعیان غنی و ثروتمند واجب است که خمس و سایر اموال امام را از فیء و انفال که در دستشان است و رساندن آن به ائمه علیهم السلام ممکن نیست «به دست فقرا برسانند»؛ بنابراین ثروتمندان شیعه در رساندن اموال امام به فقرا، امین ائمه هستند.علامه مجلسی در خاتمه این احتمال افزوده است احوط آن است که خمس و سایر اموال امام را به فقیه محدث عادل برسانند تا او در موارد مصرف آن به نیابت از ائمه معصومین علیهم السلام صرف کند.
مجلسی در مورد زکات «فطره» نیز معتقد است.تحویل آن به مجتهد مستحب است تا این که مجتهد زکات را در مصارف آن مصرف کند. وی در کتاب مرآت العقول بر مفاد این فتاوا تاکید کرده است.
با توجه به مطالب پیش گفته روشن شد که از نظرگاه مجلسی، ولایت فقیهان بر اموال عمومی، از قبیل فیء و انفال، زکات، خمس و میراث «من لاوارث له» امری ثابت است و با عنایت به این نکته که دایره انفال و سهم آن در بیت المال بسیار گسترده است؛ از این رو فقیه از قدرت اقتصادی وسیعی برخوردار خواهد بود.
