تاریخ یکی از منابع هویت هر جامعه است بازخوانی یکسویه تاریخ معاصر ایران در دهه‌های اخیر باعث شده است مردم و خصوصا جوانان اعتماد کمتری به خوانش های رسمی داشته باشند از این رو به مرور به یکی از منابع هویتی خود کم علاقه شده و مراجعه کمتری کنند. خوانش رسمی جمهوری اسلامی از روحانیت و حوزه های علمیه در تاریخ معاصر ایران، دوگونه روحانی را معرفی می‌کند، اکثریت روحانیت که حامی انقلاب هستند و اقلیت از روحانیت که درباری و روحانیت غیراصیل هستند. اما با رجوع به برخی از منابع تاریخی می توان اندیشه های متکثری از روحانیت در نسبت به مبارزه با شاه یافت از لابلای این نظریات به دو نوع گونه شناسی اشاره می‌شود.
1.از نظر یرواندآبراهامیان در کتاب «ایران بین دو انقلاب» در سال های پس از قیام خرداد 1342، سه جریان متغیر و متداخل ولی قابل تشخیص، در بین روحانیت وجود داشت.
جریان نخست، که شاید بزرگ ترین جریان بود از علما و روحانیون محتاط غیر سیاسی تشکیل می شد. اعضای این جریان با رهبری آیت الله سید ابوالقاسم خویی، آیت الله سید احمد خوانساری و آیت الله سید شهاب الدین نجفی مرعشی اعتقاد داشتند که روحانیت باید از کار سیاسی دوری گزیند و به مسائل معنوی، تبلیغ کلام خداوند، تحصیل در حوزه‌ها و آموزش علمای نسل آینده بپردازد. با این همه، اینان با وجود برکنار بودن از سیاست، از بی‌میلی مقامات دولتی در جلوگیری از آنچه انحطاط فزاینده اخلاق عمومی قلمداد می‌کردند، ناراحت بودند و به همین دلیل در سال 1356 به نهضت اسلامی پیوستند البته این طیف از علما در سال های بعد از انقلاب در زمینه قانون اساسی و نحوه اداره کشور دیدگاه های متفاوتی نیز داشتند.
جریان دوم را می‌توان روحانیون مخالف میانه رو نامید. این جریان توسط آیت الله سید محمد رضا گلپایگانی، آیت الله محمد هادی میلانی در مشهد و مهم‌تر از همه آیت الله سید کاظم شریعتمداری می‌شد. مهم‌ترین ویژگی میانه رو‌ها این بود که آن‌ها خواستار سرنگونی سلطنت نبودند بلکه خواهان اجرای کامل قانون اساسی مشروطه بودند برخی از این روحانیان سر‌شناس در سالهای بعد از انقلاب نیز با روحانیت انقلابی اختلاف نظر پیدا کردند.
سومین جریان را می‌توان روحانیون مخالفت تندرو نامید که پس از تبعید آیت الله سید روح الله خمینی به عراق، شبکه‌ای مخفی و غیر رسمی در ایران به راه انداختند، اعضای این جریان برخلاف اعضای جریان دوم، هیچ گونه ارتباطی با حکومت نداشتند. رهبر این جریان یعنی آیت الله خمینی، آَشکارا از رژیم پهلوی انتقاد می‌کرد و مومنان را به سرنگونی آن فرا می‌خواند. برخلاف جریان دوم، هدف آیت الله خمینی نه برقراری دوباره سلطنت مشروطه بلکه ایجاد شکل جدید حکومت اسلامی بود که آن را رسماً در سال 1348 در مسجد شیخ مرتضی انصاری در 13 جلسه درس فقه در نجف بیان کرد. او در همین مسجد برای نخستین بار از «انقلاب سیاسی» نام برد و برخلاف جریان دوم آنچه می‌خواست نه اصلاحات، بلکه براندازی سلطنت از طریق یک انقلاب مردمی بود. باز هم به گفته آبراهامیان برخلاف جریان دوم، «آیت الله خمینی، خواهان حکومتی آرمانی بود که در آن علما و مراجع بر آن نظارت عالیه داشته باشند در حالیکه آیت الله شریعتمداری وظیفه علما را حفظ شریعت و امت در برابر دولت بالذات فاسد می‌دانست.
2.رسول جعفریان نیز در کتاب «جریان‌ها و سازمانهای مذهبی-سیاسی ایران» گرایش سیاسی روحانیون پس از دهه چهل را به سه گرایش یا جریان عمده تقسیم می‌کند.
نخست، گرایشی که از دخالت در سیاست پرهیز داشت و تنها در پاره‌ای از اوقات و بنا به دلایلی برای پادرمیانی یا چیزی شبیه به آن ممکن بود به نوعی حرکت سیاسی دست، بزند. نمونه معمول آن در این دوره آیت الله سید احمد خوانساری بود که همانند آیت الله بروجردی از تکرار تجربه تلخ مشروطه نگران بود. آیت الله در خاطرات خود می‌گوید که وی ولایت فقیه را قبول نداشت و به همین دلیل معتقد بود که باید دستگاه را نصیحت کرد ولی نباید با آن درگیر شد، خوانساری همانند محمدتقی فلسفی و برخی دیگر از موجهین از علماء در برخی از ادوار، روابطشان با حکومت خوب بود و نقش واسطه را میان زندانیان سیاسی روحانی با حکومت ایفا می‌کردند. از آن سوی، رژیم پهلوی هم تلاش می‌کند تا روابط خود را با این افراد را حفظ کند و از طریق آن‌ها کنترلی روی نیروهای تندرو روحانی داشته باشند. از نظر جعفریان، رهبران انجمن حجتیه نیز به لحاظ فکری و یا از روی تقیه، همین گونه می‌اندیشیدند و بر این باور بودند که حکومت را اساساً نمی‌توان به غیر معصوم سپرد. رویکرد تاریخی مرجعیت در روزگار پس از مشروطیت نیز چنین اقتضایی داشت.
گرایش دوم، از آن روحانیون میانه رو بود که در عین مخالفت با پهلوی و مظاهر فساد آن، حاضر به ورود به یک مبارزه قهرآمیز و تند نبودند. آیات عظام: سید محمد رضا گلپایگانی، محمد کاظم شریعتمداری و شهاب الدین نجفی مرعشی از این جمله بودند. آیت الله شریعتمداری حتی تا تیرماه 1357 هنوز، درخواستش از رژیم پهلوی، چیزی بیشتر از برگزاری انتخابات آزاد نبود و حتی علاقه‌مند بود که آیت الله خمینی را از گفتن شاه باید برود منصرف کند. این در حالی بود که آیت الله گلپایگانی، مواضع مثبت زیادی در سال های تبعید امام خمینی، نسبت به نهضت اسلامی داشت. پس از دستگیری امام در سال 1342، بیانیه تندی علیه دولت صادر کرد و در سال های تبعید امام، مخالفت‌های وی کمابیش ادامه داشت که می‌توان فعالیت‌های او را در کتاب «زندگی نامه آیت الله گلپایگانی» مشاهده کرد. قطعاً بنا به همین اختلاف در رویه بود که رژیم پهلوی تلاش کرد تا آیت الله شریعتمداری را بر گلپایگانی ترجیح دهد. این امر علاوه بر ایجاد اختلاف میان مراجع، به نوعی ترجیح یک روش بر روش دیگر بود.
و بالاخره اینکه، گرایش سوم به آیت الله خمینی و نیز یاران او تعلق داشت. گرچه وی در بدو مخالفت های خود با دولت، خواستار اجرای قانون اساسی مشروطه می‌شد و فرا‌تر از آن دعوی دیگر نداشت اما با تدریس درس های مربوط به ولایت فقیه در اواخر سال 1348 در عراق، عملاً سرنگونی رژیم سلطنت پهلوی را پی گرفت و خواستار برپایی دولتی اسلامی در ایران شد. علیرغم نفوذ دو گرایش نخست، این گرایش سوم بود که در اواسط دهه پنجاه بر حوزه علمیه قم سیطره یافت و توانست کلیه حوزه بویژه گرایش دوم را تحت هدایت خود قرار دهد.به نظر می‌رسد برای فهم دقیق تاریخ معاصر ایران و خصوصا اندیشه‌های مربوط به روحانیت باید به منابع متنوع و غیرهمفکر مراجعه کرد تا به دیدگاهی نزدیک به واقعیت دست یافت.
