به گزارش ایسنا، در حال حاضر طبق تبصره ماده (52) قانون مالیات بر ارزش افزوده، قانون و مقررات مناطق آزاد تجاری - صنعتی و همچنین قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی به‌عنوان یکی از موارد مستثنا از اجرای قانون مطرح شده، هستند.
طبق ماده (5) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، سازمان‌های مناطق و شرکت‌های وابسته از شمول مقررات و قوانین حاکم بر شرکت‌های دولتی و سایر مقررات عمومی دولت از جمله قوانین بودجه سنواتی مستثنی بوده و از بودجه عمومی کشور استفاده نمی‌کنند و به صورت خودگردان اداره می‌شوند.
بر این اساس، سال‌هاست که مناطق آزاد طبق قوانین مربوط به اداره خود از معافیت مالیاتی 20 ساله و همچنین از مالیات بر ارزش افزوده معاف هستند، ولی با ورود دولت برای اصلاح معافیت‌های مالیاتی و مشمولیت بخشی از این معافیت‌ها، موضوع اصلاح معافیت‌ها در مناطق آزاد نیز مورد توجه قرار گرفت که در جریان بررسی لایحه اصلاح مالیات‌های مستقیم در دستور کار قرار دارد.
این موضوع که با مخالفت مسئولان مناطق آزاد مواجه شد و آن را تهدیدی برای ادامه فعالیت خود در مناطق آزاد می‌دانستند، اما با وجود مخالفت‌هایی که وجود داشت اظهارات رئیس سازمان امور مالیاتی از این حکایت داشت که قرار نیست معافیت‌های مالیاتی در هشت منطقه آزاد تجاری و صنعتی و حدود 32 منطقه ویژه اقتصادی به مانند گذشته پابرجا بماند.
وی تاکید داشت که سازمان امور مالیاتی با معافیت مالیاتی در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی برای مقاصد غیر صادراتی مخالف است.
اکنون، نمایندگان مجلس با بررسی لایحه مالیات بر ارزش افزوده، مواد 54، 55 و 56 آن را تصویب کردند که طبق ماده 54، پرونده‌های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم الاجرا شدن این قانون است از نظر تعیین ماخذ مشمول مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مودیان و مامور مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/ 2/ 1387 با اصلاحات و الحاقات بعدی آن است.
اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مودی، قطعیت، وصول، توزیع و تسویه تابع احکام و مقررات این قانون است.
همچنین، بر اساس ماده 56 این لایحه، 14 مورد از قوانین از اجرای لایحه مالیات بر ارزش افزوده معاف شدند که قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 7/ 6/ 1372 با اصلاحات و الحاقات بعدی آن، مشمول این حکم می‌شوند.
بنابراین، با تصویب این ماده از لایحه اصلاح مالیات بر ارزش افزوده اختلافاتی که بین مسئولان مناطق آزاد و سازمان مالیاتی در زمینه اصلاح معافیت مالیاتی برای مناطق آزاد ایجاد شده بود به پایان می‌رسد و همچنان مناطق آزاد تجاری صنعتی از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف هستند.
علاوه براین، با این اقدام اظهارات مسئولان مناطق آزاد مبنی براینکه هرگونه خدشه، تغییر یا عدم ثبات در قوانین، زمینه فرار و مهاجرت سرمایه و سرمایه‌گذاران موجود به مناطق امن‌تر و مطمئن کشورهای همسایه و یا سایر مناطق که انواع امکانات و امتیازات قانونی برای آنها فراهم است، ایجاد می‌کند را منتفی و بی‌نتیجه می‌گذارد و آنها همچنان بدون مزاحمت مالیاتی به فعالیت خود ادامه می‌دهد و مانع خروج سرمایه از کشور می‌شوند.
