به گزارش پایگاه فکر و فرهنگ مبلغ، آیت اللّه سید شمس الدین، پدر بزرگوار آیت الله سید مرتضی مرعشی نجفی در اوائل نوجوانی ایشان به جوار حق شتافت.
بنابر گزارش خبرگزاری حوزه، ایشان در یادداشتهای خودراجع به فرزندش چنین نوشته است:
از خداوند مسئلت می نمایم این فرزند را هم خلف صالح حقیر و مروج دین قرار بدهد. آثار نبوی در او زیاد می بینم و از خداوند خواسته ام که از مروجین شرع و مذهب و اجداد طاهرینش باشد.
کام او را با تربت حضرت سیدالشهدا (ع) و آب فرات برداشته ایم. خواب خوبی هم در حق او دیده ام و او صاحب اولاد عدیده خواهد شد و در ایران سکونت خواهد کرد.
ای فرزند عزیز سید مرتضی! مرا فراموش ننمائی، زحمت تو را خیلی کشیده ام ... شبهای جمعه تا در نجف هستی بر سر قبر والدین بیا و اگر نبودی به خواندن قرآن خشنود بنما.
فرزندم از نماز شب غفلت نکن، تهجد و شب زنده داری، شخص را به مقامات عالی می‌رساند، نباید غفلت کرد از مناجات و ابتهال نیمه های شب.