مجموعه مولانا شیخ زین‌الدین در حقیقت شامل آرامگاه و مسجد مولانا زین‌الدین ابوبکر تایبادی است که شاخص‌ترین جاذبه گردشگری شهرستان تایباد در غرب استان خراسان رضوی به شمار می‌رود و در مسیر جاده تایباد به خواف قرار دارد.
مزار شیخ زین‌الدین در فضای باز مجموعه واقع شده است. در اطراف مزار محجری (حفاظ فلزی) کشیده شده و دو لوح سنگی خاکستری رنگ یکی بر روی قبر و دیگری در بالای سر آن به صورت افراشته قرار داده شده است. در بالای سر قبر سنگ دیگری وجود دارد که بر اساس کتیبه آن مشخص می‌شود محجر خاکستری در سال 1030 هجری قمری توسط شخصی به نام خواجه درویش، تقدیم مزار شده است.
در برابر مزار شیخ، بنای باشکوهی دیده می‌شود که بنابر شواهد موجود، در سال 848 هجری قمری به دستور پیراحمد خوافی؛ وزیر شاهرخ تیموری جهت مسجد و نمازخانه توسط بزرگ‌ترین معماران دوره تیموری (دو برادر به نام‌های غیاث‌الدین و قوام‌الدین شیرازی) بنا گردیده است.
نقشه بنا شامل گنبدخانه‌ای چهارتاقی با ایوانی رفیع در جلوی آن و با اتاق‌های دو طبقه‌ای در طرفین است. راه ورود به طبقه اول هر یک از اتاق‌ها، از درگاه کنار ایوان و راه ورود به طبقه دوم، از پلکان‌هایی است که در بیرون بنا قرار دارند.
در پشت ایوان، 6 طاق‌نما قرار دارد. تمامی سطوح نمای ایوان و تاق‌های حجره‌های طرفین آن با استفاده از کاشی نره به شیوه معقلی و کاشی معرق تزئین شده است. شاه‌نشین‌هایی با پوشش نیم‌گنبدی با گوشه‌سازی‌ها و مقرنس‌کاری‌هایی دارد و بر فراز آن گنبدی با استفاده از سه کنج‌های مقرنس‌کاری شده و کاربندی ساخته شده است.
در چهار گوشه بنا، 4 پلکان تعبیه شده که به حجره‌های طرفین ایوان و به پشت‌بام راه می‌یابند و ورودی آن‌ها از بیرون بنا می‌باشد. فضای داخلی بنا در گذشته از طریق درگاه‌های شمالی و جنوبی نیز به بیرون راه داشته که امروزه مسدود است.
نمای بیرونی با قاب‌های ساده آجری و نمای ایوان و داخل آن با کاشی‌کاری معقلی، معرق و تلفیق سنگ و کاشی تزئین شده است. عناصر تزئینی شامل نقوش گیاهی، هندسی و کتیبه‌ها می‌باشد.
در میان قبرستانی که در شرق مقبره مولانا زین‌الدین ابوبکر و به فاصله کمی از آن قرار دارد، بنای کوچکی دیده می‌شود. این مقبره دارای ایوانی در ضلع غربی است به ارتفاع 6.5، عرض 5.5 و دهانه 0.31 متر با تاق گهواره‌ای و تویزه‌ای در جلوی آن که دو مناره تزئینی کوچک نیز در بالای آن جای گرفته است. پیشانی آن و زیر کلاهک مناره‌ها و حاشیه قوس ایوان را با کاشی‌های نره فیروزه‌ای و لاجوردی که از مسجد مولانا آورده‌اند، تزئین کرده‌اند. در داخل ایوان محرابی وجود داشته است که در چند دهه اخیر راهی از آن به داخل بنایی که در پشت ایوان ساخته‌اند، باز کرده‌اند. در طرفین این ایوان، 2 چله‌خانه تعبیه شده است.
در مقابل این بنا، صحنی به ابعاد 5.5×6 متر واقع شده که در هر ضلع آن، سه طاق‌نما دیده می‌شود. در وسط صحن، قبر برجسته‌ای وجود دارد و ورودی آن از جبهه شمالی است که به مقبره شیخ زین‌الدین علی (پدر شیخ زین‌الدین ابوبکر) منسوب است اما با توجه به کتیبه‌ای که روی سنگ قبر وجود دارد، معلوم می‌شود که قبر متعلق به شخصی به نام خواجه محمدهاشم، ولد میرحاج است از این رو احتمال داده می‌شود که شاید سنگ قبر از جای دیگری آورده شده باشد.
مولانا شیخ زین‌الدین ابوبکر، یکى از صوفیان برجسته قرن هشتم هجرى قمری (معاصر با تیمورلنگ و حافظ شیرازى) بوده که بر اساس آنچه که بر روی سنگ مزار نوشته شده، در سال 791 هجری قمری وفات یافته است
